Ներքին վերահսկողության վարչությունն իրականացնում է անշարժ գույքի ռեգիստրների կողմից պետական գրանցման վարույթներին ի պատասխան տրված բոլոր կասեցումների և մերժումների, կատարված ռիսկային գրանցումների, վրիպակների ուսումնասիրություններ: Կատարվում են նաև քաղաքացիներից, իրավաբանական անձանցից և այլ կազմակերպություններից ստացված որոշ դիմումբողոքների և գրությունների ուսումնասիրություններ ու համաձայնեցումներ: Իրականացվում է վերահսկողություն սպասարկման գրասենյակների աշխատանքների և գրասենյակներում պայմանագրերի ստորագրությունների իսկության ճանաչման գործառույթների նկատմամբ: Նշված աշխատանքների արդյունքում կազմվում են համապատասխան հաշվետվություններ և ներկայացվում առաջարկություններ: Առավել լուրջ խախտումների դեպքում նշանակվում են ծառայողական քննություններ:

Վարչությունն իրականացնում է վերահսկողություն նաև որակավորման վկայական ունեցող անձանց աշխատանքների նկատմամբ։ Կատարում է ստորաբաժանումների կողմից իրականացվող հաշվառման և քարտեզագրման աշխատանքների ուսումնասիրություն: